تم اصدار القرار الخاص بانشاء كلية علوم المختبرات الطبية بجامعة امدرمان الاسلامية من مجلس جامعة امدرمان  الاسلامية في جلسته رقم (4) لسنة 2003م بتاريخ 14/4/2003م  باقتراح من البروفسير محمد عثمان صالح مدير الجامعة وأجيز النظام الاساسي لها الذي يبين أهداف الكلية والوسائل لتحقيق هذه الاهداف. والكلية تشمل :-

• كلية علوم المختبرات الطبية (طلاب) ومقرها المدينة الجامعية بالفتيحاب.
• كلية علوم المختبرات الطبية (طالبات) ومقرها مركز الطالبات بأمدرمان الثورة.